Boken Stad av skuggor är den första delen av The Mortal Instruments. Det fantasy-trilogi för unga vuxna. Berättelsen utspelar sig i New York City och börja med att den femtonåriga Clary bevittna ett mordet på en nattklubb – det enda problemet är att ingen annan kan se vad hon har sett.
Händelserna i Clarys liv blir bara konstigare när hennes mamma försvinner utan förvarning och monster börjar dyka upp i hennes hem. Plötsligt ser Clary konstiga och ovanliga saker överallt hon ser demoner, vampyrer, varulvar, älvor och trollkarlar som hon tidigare har sätt som vanliga människor.
Lyckligtvis verkar det som om Clarys väg är förutbestämd. Hennes väg korsas med Jace, den snygga tonårspojken som Clary först såg på nattklubben. Det var han och hans vänner som mördade den blåhåriga pojken och han introducerar henne till skuggjägarnas dolda värld. En värld där varulvar strövar omkring på Chinatowns gator, älvor bor i Central Park och vampyrer åker demoniskt drivna motorcyklar.
Skuggjägare är Nephilim. Traditionellt sett är Nephilim barn till änglar som har förökat sig med dödliga människor, men i Stad av skuggor skapades Nephilim när ängeln Raziel blandade sitt blod med människoblod i den dödliga bägaren. Skuggjägarna finns för att bekämpa demoner och tränas från födseln för detta ändamål. Den dödliga bägaren kan användas för att skapa fler Nephilim – vilket gör den till ett farligt vapen i fel händer.
I Stad av skuggor har de flesta av de traditionella vampyrernas svagheter och styrkor. men de är resultatet av en demonisk virusinfektion snarare än de mer traditionella onda odödliga. Skuggjägarna kallar dem, och alla andra raser som inte är av rent mänskligt ursprung för Downworlders – men de jagar inte vampyrer om de inte blir skurkar och börjar döda människor. Vampyrerna har bara en liten roll i den här berättelsen.
Stad av skuggor är en bok för unga vuxna. Berättelsen kretsar kring relationerna och gruppdynamiken mellan Clary, hennes mänskliga bästa vän Simon och de tre unga skuggjägarna som hjälper Clary när hennes mamma försvinner. Mycket av handlingen i berättelsen är relaterad till ett uppror som leds av en skuggjägaren vid namn Valentine, som har ungefär samma politiska åsikter som Hitler och där Downworlders ses som zigenare och judar istället.
Den dödliga bägaren måste hittas innan Valentin hittar den. Med Clary vet inte var den är, och Jace och han vänner från institutet gör allt för att få henne att minnas. De besöker Magnus Bane, han är en trollkarl som har tagit hennes minne för att hennes mamma inte ville att hon inte skulle vara en skuggjägare. De försöker få hennes minnas tillbaka men Magnus har gett hennes minnen till en demon. Hon får bara reda på att minnena kommer att komma tillbaka av sig själv. Efter att minnena kommer tillbaka, så blir det bara ännu svårare för Clary att hålla reda på allt. Hon blir frustrerad över att hon inte kan få ihop allt direkt. Hon är arg på sin mamma och att hon har dolt så mycket för henne.
Stad av skuggor är skriven ur Clarys perspektiv och även om hon bara är sexton år så tänker hon som en vuxen. Man förstår varför hon måste bli så vuxen snabbt med tanken på allt som hon är tvungen att reda ut. Clary har mycket att bära på och det är inte alltid lätt för henne att acceptera att hennes mamma inte har berättat något för henne utan döljer. Det liv som hon vet att Clary nu blivit inkastad i.
Stad av skuggor få man möjligheten att vara en del av skuggjägarna. När man får följa med, från att döda demoner till att försöka bekämpa Valentine och den romantiska relationen som uppstår mellan Clary och Jace.